清末时期，中国传统学问日渐衰微，经学课程的教授更是遇到难题——在当时，人们先前认为科举为学堂之巨大阻碍，但科举已然停废，学堂却未能如预期般顺利推进而是问题频出。各类学堂中的读经讲经课程不能按照《奏定学堂章程》中所列要求来开展，有甚者无经学课程或随意应付。
由于以经学为重心的传统旧学维系统治阶层的意识形态，旧学推行不力使统治阶层担忧。统治阶层一面修订章程使读经讲经课程更加便于中小学堂开设；一面另辟蹊径，试图于学制外创办存古学堂来挽救旧学士风、保存国粹。同样以保存国粹为口号的举措还有复科举开设制科，只是未能引起波澜。
科举废止后，令张之洞等人寄予厚望的经科大学亦未达预期设想。年终于开办招生，但规模不大，且年因政权更迭而遭到撤销。整体来说，科举废止后挽救经学教育的各项举措大都收效甚微。
“癸卯学制”颁布实施数年之后，各级各类学堂在办学过程中出现的问题逐渐增多，针对这些问题学部对学制进行了修订。修订的内容包括对中小学读经讲经课程内容及办法的改订。
初等教育阶段经学课程的改动因经费、师资、课程等原因，初等小学堂在具体推进过程中出现诸多问题，其中之一即是读经讲经课程未达预期效果。
变通后的初等小学堂分为完全科（五年制）与简易科（有三年制与四年制两类），其中完全科小学于第三年、第四年及第五年开设读经讲经课程，两类简易小学无读经讲经课程。按照变通章程要求初等小学堂必有读经内容：“必修课程约为三门：曰修身、读经，曰中国文学，曰算术。”
简易小学虽未单独设立读经讲经课程，读经讲经内容亦必须存在，被合并于修身课程之中，例如四年简易小学第四年修身课程内容规定“讲解、背诵、默写、回讲四事缺一不可”，所读内容为《孝经》及《论语》，课时为每星期12钟点。
此次变通与《奏定学堂章程》中的相关内容有较大区别。《奏定学堂章程》规定初等小学堂学习《论语》、《大学》、《中庸》、《孟子》、《孝经》以及《礼记》节本，“因《学》《庸》理解高深，《孟子》篇幅太长，恐其记忆较难，”改为先学习《孝经》、《论语》和《礼记节本》，剩余三经并入高等小学堂再习。
《奏定学堂章程》规定初等小学堂读经讲经只须讲解诵习，无须学生背诵默写，变通后“将读经一科定为讲解、背诵、回讲、默写四项，不得缺一”。
读经讲经课程在内容及方法上都有所改动，读经内容由原来《孝经》、《论语》、《学》、《庸》、《孟子》及《礼记》节本六种改为《孝经》、《论语》及《礼记》节本三种；教学方法也加入背诵、回讲及默写，要求学生更加深入地学习读经讲经课程。
学部《奏酌量变通初等小学堂章程等折》颁布并推行一年多之后，又加改动：盖五年完全科既期限过长，贫民或穷于担负；三年简易科又为时过促，学力太觉其参差；而且三种章程并列，听人自择，倘办学者有所偏重，转有碍教育之进行。
臣等再三筹划，以为初等小学与其分为三科，易启分歧，不如并为一科，简而易从，拟即折中定制，一律以四年为毕业期限，并删除简易科名目，以符名实。
再次改动后的初等小学堂统一规划为四年制，废除原完全科与简易科。初等小学堂读经讲经课程也发生变化：第一年及第二年不开设读经讲经课程，第三年及第四年读经讲经课程内容只读《孝经》、《论语》，《礼记》节本放置高等小学堂阶段诵习；授课时数为每星期5课时，完全科小学时期为12课时。
高等小学堂读经讲经内容较之《奏定学堂章程》也有所不同：《奏定学堂章程》中规定所读内容改为《大学》、《中庸》、《孟子》、《诗经》及《礼记》节本；授课时数由《奏定学堂章程》时的每星期12课时改为第一至第三年11课时、第四年10课时。
《大学》、《中庸》、《孟子》、《礼记》节本在《奏定学堂章程》中为初等小学堂所应习内容，此时至高等小学堂时期加以学习，实际上放低初等教育阶段学生读经讲经课程的学习难度。
中等教育阶段经学课程的改动中学堂读经讲经课程的改动过程与初等小学堂的改动过程相似，先变通再改订。中学堂分为文科中学与实科中学，二者对读经讲经课程的学习内容及程度要求相异。
学部《奏变通中学堂课程分为文科、实科折》中文科中学及实科中学对读经讲经课程的学习内容以及课时安排不同。文科中学前三年学习《春秋·左氏传》，每周10课时；第四年学习《周礼节训本》，每周10课时；第五年学习《易经》，每周10课时。实科中学只须读《春秋·左氏传》节本，且第一至第五年每星期3课时，较之文科中学内容与课时皆减少。
中学堂变通一年多后进行了改订，文科中学前三年读《春秋·左传》，每星期10课时；第四年读《书经》，每星期12课时；第五年读《易经》，每星期10课时，不再读《周礼节训本》。实科中学前三年读《春秋·左传》节本，每星期10课时；第四年与第五年未设置读经讲经课程。
相比于学部《奏变通中学堂课程分为文科、实科折》，实科中学读经讲经总课时此时增加了一倍，由15课时变为30课时。《奏定中学堂章程》中学堂读经讲经课程前四年读《春秋·左传》，第五年读《周礼节训本》，每星期9课时，合计45课时。
改订后文科中学读经讲经课程除《春秋·左传》外，还读《书经》、《易经》，除第四年每星期12课时外，其余四年每星期10课时，合计52课时。文科中学读经讲经课程时数增加，但实科中学较之《奏定学堂章程》课时减少，读经讲经课程在此产生分流。
对初等学堂和中等学堂的经学课程进行变动修订，皆以解决学堂经学课程在推行过程中的现实问题为目的。读经讲经课程内容与方法的变通亦是挽救经学教育的现实举措之一。
古学堂的创办与衰落科举废止后不久，以经学为中心的旧学传承出现危机，各类学堂的读经讲经课程无法达到课程设置之初的预期效果，建立保存旧学专门学堂的设想随之产生。
废科举后有人指出学堂课程多，科目兼顾中西，“其于经学、史学、理学、词章学，皆未暇专精，窃恐将来中学日微，必至各学堂亦鲜教国文专门之教员，而师渐绝。每念及此，辄用競兢。”
课程囊括中西、包含甚广，于学生来讲课业着实繁重，这就致使学堂中具有吸引力的西学课程日盛而中学课程日衰。
具体划分给每门课程的时间太少，学生无法进行深入的研究学习，经学课程亦无法达到预期效果。现实中不少学堂未照章开办或开办后未开设经学课程，如恽毓鼎在日记中记载，当时中外学堂都重视日本之学而舍弃四书五经，即使被编入课程的四书五经也仅是一小部分并未得到重视。
他预测不出十年周孔之道将断绝并引起社会动乱。存古学堂在此种背景下诞生。因何创办存古学堂，张之洞在《创立存古学堂折》当中有所阐述：至有议请废罢“四书”“五经”者，有中小学堂并无读经讲经功课者，甚至有师范学堂改订章程，声明不列读经专科者。……各项学堂于经学一科，虽列其目，亦止视为具文，有名无实。
至于论说文章、寻常简牍，类指捐弃雅故，……为国家计，则必有乱臣贼子之祸；为世道计，则不啻有洪水猛兽之忧。
清末学制系统下学堂的经学课程推行不佳，有人请废除四书五经，有学堂甚至不开设读经讲经。从张之洞的叙述中可推测出新式学堂的经学课程有名无实，其他旧学科目如文学、词章学等也不尽如人意。
科举骤然停止，以科举为重要支撑的经学教育难以为继，传统旧学传承受阻，中学衰微现象严重，“国粹”的保存及延续出现危机。传统旧学与政治道统密切相关，旧学维系统治阶级的政治利益。
旧学衰微则会出现“乱臣贼子之祸”、“洪水猛兽之忧”，从而动摇统治秩序，故必须宣扬旧学、保存国粹。
年张之洞将经心书院改为存古学堂，年湖南巡抚庞鸿书奏请于湖南设立四所存古学堂，但未能如愿。张之洞寄希望于创立存古学堂来延续旧学，更是于年上奏《创立存古学堂折》，要求各省仿照办理。
结语总的来说，在旧学日衰的情况下，各地创办存古学堂却逐渐兴盛起来。各省创办存古学堂大都仿照张之洞在湖北创办存古学堂的办法，但各地办学又具有不同之处。年学部制定并颁布了《修订存古学堂章程折》，欲将各地存古学堂进行统一规划，与学制内的普通学堂并行不悖。