年10月14日，在八国联军入侵炮火里学务中辍的京师大学堂，再度举行招生考试。原本当清朝光绪皇帝推动“百日维新”时，京师大学堂就因“以其人才辈出，共济时艰”的救国目的而在年创设，但不多时便被守旧大臣抨击花费过多。接着八国联军攻来，京师大学堂总教习兼管学大臣许景澄恳切上谏剿除义和团，反被慈禧太后斩于菜市口。待联军进城后，大学堂又旋遭占领破坏，学生们逃散无踪，不得不停办。大学堂总办工部郎中周璟事后沉痛地奏报损毁情形：“俄兵、德兵先后来学堂占住，看守人役力不能支，均已逃散。所有书籍、仪器、家具、案卷一概无存，房屋亦被匪拆毁”。
浩劫过后，慈禧太后这才体悟到施行新政的必要，吏部尚书张百熙趁机上疏建议大举兴学，光绪皇帝遂下诏指派张百熙负责此事：“兴学育才，实为当今急务，京师首善之区，尤宜加意作养。前所建大学堂，应即切实举办，着派张百熙为管学大臣，将学堂一切事宜，责成经理”。
在张百熙的擘画里，京师大学堂不仅要发挥储备人才的功用，还得担当全国新式学校的楷模并管理之，相当于今日教育部的地位。因此，本隶属于宗人府、教养满洲八旗子弟用的“八旗觉罗学”首先被改制为中学堂与小学堂，并改归京师大学堂管辖。接着张百熙又督促各省尽速设立新式学堂，并拟定《钦定学堂章程》，规定京师大学堂的分科与学制，打算下一步“颁发各直省高等学、中学、小学各章程”，如此一来便可统一全国教育课程和体系，训练出学贯中西的新一代青年。没想到，这份被称为“壬寅学制”的计划，立刻又因守旧大臣的阻挠而遭修改。
原来清朝皇室为了保障满蒙统治阶级的特权，往往刻意安排满汉各一人充任官衙司员，即便同品秩，仍得由满人掌权，而理藩院之类的机构则是满蒙各一。结果京师大学堂此新设的机构也逃不过守旧派的猜忌，被抨击“本朝定制，各部官皆一满一汉，教能相维不敝，今大学仅一汉大臣，致成弊薮，请增满大臣主其事”。无法摆脱种族私见的清朝皇室，竟因此超擢出身蒙古正黄旗的总督仓场户部侍郎荣庆为刑部尚书，再指派其与张百熙共同管理京师大学堂。消息一出，顿时“中外愕咍”。
张百熙等上图为年，管学大臣张百熙（右）与译学馆监督朱启钤（左）接受直隶总督袁世凯（中）的视察。
荣庆很快又被任命为军机大臣，导致“百熙益无权”。志得意满的荣庆，仗恃皇室的信赖，不愿全盘照搬张百熙的构思，遂又联合张之洞一同改定章程。最后在年1月，被称为“癸卯学制”的《奏定学堂章程》才颁布。此外，在张之洞的要求下，京师大学堂原本掌理全国教育的行政功能被分割开来，交由总理学务大臣负责；年清朝又单独设置“学部”。至此，京师大学堂的“教育部”功用遂全告消失。
不过若比较“壬寅学制”与“癸卯学制”的差异，后者反而较细致完整，而且张百熙、荣庆与张之洞等人皆有一定的保守性格。张百熙在年上疏时，就表明“招集京外通博之才，酌采中西有益政治，各种学问严定章程，重在中学，而以西学辅之”的态度，这与张之洞“中学为体，西学为用”的主张略有相通。而“癸卯学制”规定的京师大学堂专业八科里，“经学”科便居于首位，传授《春秋》、《左传》、《周礼》、《论语》等内容。这显见在汹涌的西潮下，清朝仍认为传统学问有救亡修身的效益，不能轻易毁弃。
此外，由于洋务运动以来所开设的各种新式学堂，中西课程混杂不精，部分学成者未必精通西学，连传统经史思想也仅知一二，清朝又未悉数重用学堂培养的人才，花巨资送出洋的留美学童也常被投闲置散，导致“不肖者，遂乃依恃洋人鱼肉闾里，甚至凌侮朝官，目无法纪”。清朝事后检讨缺失，认为还是得注重灌输儒家礼义，以免培养出“中不中、西不西”的“洋奴”。
所以除了京师大学堂特设经学科之外，清朝又于年颁立《奏定小学堂章程》，规定初等小学堂与高等小学堂得开立“修身”、“读经讲经”等研读古人言行和经学的课程为必修课，且“读经讲经”科在初等小学堂与高等小学堂的每周授课时数竟高达12小时！但初等小学堂和高等小学堂的每周授课总时数不过才30与36小时。这让人见识到清朝欲“从娃娃抓起”的决心，以免新一代忘却旧学、也连带忘了对朝廷的认同。不过由于师资不足、加上授课时数过长，致使时人抱怨“通经所以致用，今以授之小学儿童，徒苦其脑力”，清朝学部这才略作删减。
张之洞讽刺的是，在清朝意欲推行“中学为体，西学为用”的新旧混合学制时，张之洞居然又在年上了《创立存古学堂折》这道奏折，忧心地说道：“这些年以来西风日炽，学堂学生喜新奇而蔑弃正学，各学堂之经学徒为具文，经学实有沦亡之疑虑”，请求设立专门讲授经史子集的存古学堂以“保存国粹”。在张之洞看来，尽管各小学堂与京师大学堂已有经学课程，但那毕竟是启迪国民心智所用，故仍得另辟存古学堂，免得日后再无通晓十三经的大师。当张之洞登高一呼后，各省相继成立类似的学堂，但由于财政困难、教学风气恶劣、教员学生时常旷课，张之洞期许的目的遂没能达成。
从京师大学堂到地方学堂的成立与课程设计，不难发现彼时的清朝皇室，在中西力量的冲撞下仍试图尽最后一搏，想一面保留旧学根底、又一面输入西学以富国强兵，但毕竟不彻底的改造只会再重演一回洋务运动的失败，传统学问已没法适应西方列强主宰的“数千年来未有之变局”。张百熙、张之洞等人或许是囿于时代的局限性，也或许早已深谙此理，但依旧舍不得让曾信仰的礼乐体系遽然崩解，故仍想保留一丝旧学的火种继续焚烧。这种矛盾的心态，说明了当时在专制王朝濒于崩溃、文化面临摧折的危机下是多么的惶恐。直到民国初年“五四运动”和“新文化运动”轰轰烈烈地开展后，旧学的威信才彻底被质疑与打倒。但那时，盲信西学与彻底否定民族文化，又成了社会的另一场认同危机。