也有学者认为，五脏配五行并非由古代祭祀发展而来，其原因一是在《周礼》中，已有关于三代祭祀的详尽描述，却都没有五行化的明显记载。二是从《礼记》等古籍中可知，古人祭礼，重气和报阴、报阳之礼，祭品讲求“敬纯”等原则，以向神灵表示自己的一片明洁之心。因此，祭祀用五脏讲究用肺、心、肝三脏，膈下脏器如脾用的甚少，肾则在西周后所有古文献里未见用作祭品的记载。这种认识，实有偏颇之处。首先，祭祀用三脏，大约源于《仪礼·特牲馈食礼》，然同为《仪礼》的《有司》篇记载祭祀所用脏器尚有肠、胃，《礼记》并提到用膟膋，可见并非完全如郑玄所言。其次，祭祀的方式、用脏、时间等会受到时代变更的影响而演变，在时令、月令思想的演进过程中，完全有可能出现五季分用五脏的祭祀方式，如《礼记·祭统》即言：“凡祭有四时，春祭曰礿，夏祭曰禘，秋祭曰尝，冬祭曰蒸。”因此，可以说五脏配属五行在一定程度上是受古代祭祀的启示而形成的。
论述至此，就势必会提出《礼记·月令》和《黄帝内经》中五脏与五行配属关系不同的问题，对此古人早有争论，段玉裁在《说文解字注》中注释“肺，金脏也”时做了较全面的介绍：“按：各本不完，当云火脏也，博士说以为金脏。下文脾下当云木脏也，博士说以为土脏。肝下当云金脏也，博士说以为木脏，乃与心字下土脏也，博士说以为火脏一例。《玄应书》两引《说文》‘肺，火脏也。’其所据当是完本。但未引一曰金脏耳。《五经异义》云：‘今尚书欧阳说：肝，木也；心，火也；脾，土也；肺，金也；肾，水也。古尚书说：脾，木也；肺，火也；心，土也；肝，金也；肾，水也。’许慎谨按：‘《月令》春祭脾，夏祭肺，季夏祭心，秋祭肝，冬祭肾。与古尚书同。’郑驳之曰：‘《月令》祭四时之位，乃其五脏之上下次之耳……’郑注《月令》，自用其说，从今尚书说。扬雄《太玄》：‘木脏脾，金脏肝，火脏肺，水脏肾，土脏心。’从古尚书说。高注《吕览》于春祭先脾曰：‘春木胜土，先食所胜也。一说脾属木，自用其脏也。’于夏祭先肺曰：‘肺，金也。祭礼之先进肺，用其生也。一曰肺火，自用其脏。’于秋祭先肝曰：‘肝，木也。祭祀之肉，用其胜也，故先进肝。一曰肝，金也，自用其脏也。’于冬祭先肾曰：‘肾属水，自用其脏也。’于中央祭先心曰：‘祭祀之肉，先进心，心，火也，用所胜也。一曰心土，自用其脏也。’其注《淮南子·时则训》略同，皆兼从今古尚书说，而先今后古。许异义，从古尚书说。《说文》虽兼用今古尚书说，而先古后今，与郑不同矣。”可见，在东汉时，五行与五脏的配属已有两种说法，古文《尚书》和《礼记·月令》相同，今文《尚书》和《黄帝内经》一致，当时的学者如高诱、许慎已不知哪家学说为好，为慎重起见，只好两种说法均予以记述。而要搞清此问题，还得从今古文《尚书》之争和五德终始理论下汉代的尚德说起。
今古文《尚书》之争，实际上涉及今古文经学之争。经学是指研究、阐发儒家经典的学问，经学之称首见于《汉书·邹阳传》。关于经学的起源有不同说法，一般认为战国儒家开始尊称孔子编次、整理的《诗》《书》《礼》《乐》《易》《春秋》为经，并开始撰集解释这些经书的“传”“记”，当为经学之始。后来秦焚书禁私学，儒经除“《易》为筮卜之事，传者不绝”（《汉书·艺文志》）外，大都散佚。西汉后，火余之书远远不能适应社会需要，于是出现了新的、扩大了的儒家队伍，他们用当时通俗的隶书写出经文教授学生，以为朝廷制造统治理论，朝廷亦立他们为博士，汉武帝二十五年，设立诗、书、礼、易、春秋五经博士。此即今文经学派，其代表人物当推董仲舒。古文经学的兴起，肇源于西汉末年的刘歆。刘歆父亲刘向，汉成帝时为光禄大夫，诏钦校中五经秘书二十余年，刘歆以家学渊源，“少以通经书，能属文，召见成帝待诏宦者，署为黄门郎，平中受诏为父向领校秘书，讲六艺，传记、诸子、诗、赋、数术、方技无所不究”（《汉书·刘歆传》），他在校书的秘阁中，发现了古文《春秋左氏传》，史载鲁恭王在孔子旧宅墙壁中挖出了《逸礼》和《逸书》五十五篇，孔安国将之献给武帝。古文经学与今文经学的争论遂由此展开，一直到东汉章帝时，经过“白虎观会议”形成《白虎通义》一书，古文经学派终于占了上风。东汉末郑玄兼容今古文经学，遍注群经，使二者被融合、统一起来。
关于今古文经学的区别，周予同先生认为古文经以孔子为史学家，是古代文化的保存者；今文家则认为孔子是素王，为汉制法，是政治家、哲学家、教育家。两者的区别是无神论与有神论、学术与政治的区别。金春峰对之做了详细区别，认为今文学崇奉孔子，尊孔子是受命的素王，是哲学家、政治家、教育家，以孔子为托古改制，以《春秋公羊传》为主，是经学派；信纬书，以为孔子微言大义间有所存。古文经崇奉周公，尊孔子为先师，是史学家，以六经为古代史料，以《周礼》为主，重《左传》，为史学派；斥纬书为妖妄。
对于中医学而言，今古文经学最大的区别即在于五脏与五行的配属关系不同。古文经学以脾—木、肺—火、心—土、肝—金、肾—水相配，《礼记》《吕氏春秋》、古文《尚书》《太玄经》《淮南子》等持此说；今文经学以肝—木、心—火、脾—土、肺—金、肾—水相配，今文《尚书》《黄帝内经》《白虎通》《春秋元命苞》等持此说。两种配属方式大约以东西汉之交，即公元1世纪左右为界，以前的书籍，在论及五脏配五行时，大都采用古文经学的模式。自西汉后，五脏与五行的配属，则完全改用今文经学的模式。这种变动，则与五行的社会化、政治化及当时的社会变革有关。