在全国南北统一战争前后，无论是北周旧制，还是南朝旧制，都已无法满足当时隋朝初立的政治生态。因此，隋文帝在政治方面做了一系列的改革。
在中央职官制度方面，废北周六官制，恢复魏晋旧制。从西魏时起，宇文泰依《周礼》施行六官制，此制一直延续到北周末年也不曾更改。
何为六官制？即在中央行政机构中设置六个长官，一曰大冢宰（天官）、二曰大司徒（地官）、三曰大宗伯（春官）、四曰大司马（夏官）、五曰大司寇（秋官）、六曰大司空（冬官）。
大冢宰为六官之首长，总揽朝政，以下各官分别掌管各项重要政务，也就是所谓的“五府总于天官”。
然而，这种源自于西周的官职制度，无法适应日趋强化的中央集权制。六官实施后，宇文泰和宇文护相继专政，并以大冢宰的名义掌握国家最高实权。北周武帝宇文邕杀权臣宇文护后，皇帝亲自掌握国家大权，大冢宰成了没有实权的摆设。
隋文帝即位之后，当然要加强中央集权，于是恢复了魏晋以来采用的三省制。
为避隋文帝父杨忠的讳，改中书省为内史省，置令二人，内史侍郎四人，后减为二人。门下省的长官也避杨忠讳，改侍中为纳言，设纳言二人，黄门侍郎四人，后减为二人。“举国机要，悉在中书；献纳之任，又归门下；而尚书但听命而已”。所以“内史、纳言，是为宰相”（《通典·职官典》）。
国家的政事职权集中在门下、内史两省，两省长官皆以皇帝的私人顾问和幕僚长的身份成为宰相，这是封建皇权加强的必然结果。
门下、内史两省是中央决策机关，尚书省则是中央执行机关。
尚书省置尚书令一人，尚书左右仆射各一人。下置吏部、礼部、兵部、都官（后改为刑部）、度支（后改为户部，又改为民部）、工部六尚书。六部尚书各下辖四司，共计二十四司，每司置侍郎一或二人。
六部以外，又有太常、光禄、卫尉、宗正、太仆、大理、鸿胪、司农、太府等九寺，并置卿、少卿各一人。六部九寺外设置有都水台（长官为都水使者）、国子寺（长官为国子祭酒）、将作寺（长官为将作大匠）。
三省之外，置秘书省（长官为秘书监）和御史台（长官为御史大夫）。
隋初的中央政权机关，大体如此。这样的改革对中央集权的加强，起了很好的作用。
自东汉末年起，地方行政制度慢慢发展成了州、郡、县三级。南北朝以来，又在州上面设置了都督数州军事或总管，兼管地方军民事务。州郡县的管辖区域不断萎缩，而州郡县的数目却不断增加，这样发展的结果是地方政府的开支不断加重。裁减冗员，并省地方州县已经到了非做不可的地步。
当时河南道行台兵部尚书杨尚希曾上表称：“当今郡县，倍多于古。或地无百里，数县并置；或户不满千，二郡分领。具僚以众，资费日多，吏卒又倍，租调岁减。清干良才，百分无一，动须数万，如何可觅。所谓民少官多，十羊九牧。……今存要去闲，并小为大，国家则不亏粟帛，选举则易得贤才。”（《隋书·杨尚希传》）
隋文帝乃在开皇三年（公元年）的十一月，下令“罢天下诸郡”，取消了郡一级，以州统县。从东汉末年以来的州、郡、县三级制改为州、县两级制。开皇九年灭陈之后，隋共有三百州。到了隋炀帝大业三年（公元年），又“改州为郡”，变州、县两级制为郡、县两级制，经过并省州县的改革，全国共有一百九十郡，一千二百五十五县。
地方行政单位的改革，不仅减少冗官人数，节省了政府开支，还间接也减轻了人民的负担。
同时，隋文帝沿袭北朝旧制，于大州或边镇设置大总管，都督数州军事至数十州军事，在各道（如淮南道、山南道等）置行台，其长官为行台尚书令、行台左右仆射、行台兵部尚书（兼管行台吏部、礼部事）和行台度支尚书（兼管行台都官、工部事），来节制大行政区的军政事宜。
这样，一方面减少了地方基层行政单位，另一方面，加强了中央对地方的控制力，强化了皇权。
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