“今之为目录学者，动云经史子集，盖从流俗沿称之名也。于是治经之儒，遂翘然于史子集之外，而别启径途。余窃谓未然。盖观《十三经》中实有近史、近子、近集者，何以皆目为经？如《尚书》、《春秋》、《周礼》、《仪礼》，实三代上之史也。《论语》、《孟子》、《孝经》，可列子书。”（《孙宝暄日记》一八九八年四月初十日日记）
在孙宝暄看来，《孝经》与《论语》《孟子》，可以目为子书。到戊戌新变前夜，孙宝暄对于《孝经》的讨论，已开始超逸出传统学术的规约。但其论述的语境，尚在传统中。其论尚不出四部门类，尚未进入现代学术分类体系中。
“长素据《孝经纬·钩命诀》有孔子自谓逊顺以避祸灾，与先王以托权二语，谓孔子自明微意。然孔子何不云托先王以明权，仅云与先王以托权？吾谓托权也者，藉其权力于先王也。盖与上文无爵禄之赏、斧钺之诛，意正一贯，今作巽以行权解，误矣。惟曾子撰斯所问‘孝文乎驳不同何也’八字实不可解。夫所谓驳不同指何而言？本书如不同耶，抑与他书又不同耶？今观本书无不同，证以他书，不见所谓不同。如长素之意，必谓所述制度与当时所见书不同。然《孝经》一书多言理，惟《丧亲章》述制度亦甚略。岂曾子之意果如是耶？然观文驳不同语，意似专为本书者，使果与他书不同，当指明何书。今仅云：文驳不同，未敢决定。吾意孔子或先著一书，亦名《孝经》，与此本大旨无异，惟不称述先王，故曾子疑问，夫子遂自揭宗旨，以言不能不托权先王，我无权故也。”（一八九八年五月十八日日记）
由此可知，孙宝暄对于《孝经》之成书，有自己的见解。其认可《孝经》为孔子著作。
“《周易》，哲学也；《尚书》、《三礼》、《春秋》，史学也；《论语》、《孝经》，修身伦理学也；《毛诗》，美术学也；《尔雅》，博物学也。故我国十三经，可称三代以前普通学。
经学为三代以前普通学，声音训诂为三代以前语言文字学。
余数年来，专以新理新法治旧学，故能破除旧时一切科臼障碍。”（一九零二年五月五日日记）
从此可知，自称“数年来，专以新理新法治旧学”的孙宝暄，依旧继承了其在一八九八年四月的新看法，并未将《孝经》简单归入“经”学领域。同时，其认《孝经》为“修身伦理学”的看法，与其一八九八年目其为“子书”，亦可见出其自身新学的演化历程。
“余前以史当并列四种体例：一曰年史，一曰事史，一曰政史，一曰人史。具论于数年前日记矣。今于经，又别为二类：一曰哲学类，一曰史学类。《尚书》载言，《春秋》三传附载事，《周礼》载制度，《仪礼》载典礼，《毛诗》载乐章，皆史学也。《周易》发明阴阳消息，刚柔进退存亡原理，为哲学正宗。《论》、《孟》、《孝经》乃圣贤语录，其于人伦道德及治国平天下之术，三致意焉，故亦为哲学。”（一九零七年十月二十三日日记）
孙宝暄一九零七年的记述与其一九零二年时，可谓相贯通，而表述更为明朗。
孙宝暄对于《孝经》的观察，反映了其对待古今学术的态度。在传统目录学即四部分类法影响下，孙宝暄开始有意识且不乏新意地视《孝经》为“子书”，显示出于传统经学不拘守的新学趋向。
而在以“普通学”的视野下，孙宝暄视作9为普通学之一种的《孝经》，为有别于“史学”和“哲学”的一种“修身伦理学”。而后，其更将传统学术系统中归属“经”的“孝经”，作为“经”之二类（哲学、史学）之一的哲学。
从上，可以见出孙宝暄对传统学术中的十三经以及分类法的基于现代学术的解构，以及重新建构的尝试。因资料有限，我们不能确知孙宝暄对于《孝经》更多态度。但是，从以上分析可见，孙宝暄对作为传统十三经之一种的《孝经》，一定有所了解。而且，这种了解，超出了传统经学学术的框架，已经进入下现代学术的视野中。