在仲长统的政治哲学体系中，当然有经学成分的存在，但更多、更明显的还是表现出子学倾向，主要包括三家，分别是儒家、法家和道家。可以说，仲长统形成自己的思想体系是受到三家很大影响的，而理清这三家对于仲长统的影响主要在于哪些方面对于研究仲长统政治哲学会有很大助益。
01儒家思想渊源
汉代学术有一个很重要的问题，就是天人关系。
自从汉武帝罢黜百家独尊儒术之后，“天人感应”的理念长期统治着汉人的思维。但到了汉末，汉统治名存实亡，天子拥虚器，若玄默之尸。人们对天人关系问题就开始了重新认识，这一期间有不少思想家都出过天人相分的思想，而这样的观点其实也并非首创，源流可能早在荀子时便已产生“天行有常，不为尧存，不为桀亡，应之以治则吉，应之以乱则凶”。
在仲长统的政治哲学体系中，人事的作用远远大于天道这一点，很大可能就是出自对于荀子天人相分之说的进一步发扬。仲长统大概也是接受经学教育成长的，从他的著作中也不难对此做出推测。他虽然多次表达对于灾异卜蓍之说的不屑，如：
然则王天下、作大臣者，不待于知天道矣。所贵乎用天之道者，则指星辰以授民事，顺四时而兴功业，其大略也。吉凶之兆又何取焉？
可以看到，在这一问题上仲长统的态度其实十分坚决与鲜明，很大程度上已经站到了汉代经学的对立面，将“天人一也”的思想核心否定了，他认为人事才是根本。这是仲长统天命观思想的内核。
但是与之相对的，当仲长统开始另外一种叙述时，他又会习惯性的使用灾异之说：
怨气并作，阴阳失和，三光亏缺，怪异数至，虫螟食稼，水旱为灾，此皆戚宦之臣所致然也。
在此，他一方面说天人相分，人事已尽，吉凶之兆有何可取之处；人事未尽，再如何敬天畏神也无益于败亡。另一方面指责宦官外戚时又说他们的胡作非为引起了种种天灾人祸。岂非自相矛盾？其实不然，天人相分也是仲长统思想中天命观的核心内容，是他理论系统中的一块不可撼动的基石。
而后者之所以如此表述，我认为是因为他接受的也是汉代正统的经学教育，出于写作时的习惯以及文法上的修辞才使用了灾异之说，其实并没有实质上的意义。但是却也是他曾接受过经学教育的一个侧证。
仲长统政治哲学思想的儒家渊源最显著的特点有二：
其一是重视教化，以德教为政治的最高理想，他认为德教是常道，刑罚是辅佐，政欲达于治实质上依靠的还是仁德而非刑罚。
之所以要强调这一点，是因为法家思想、尤其是商鞅和韩非的思想也是仲长统思想的重要渊源，仲长统明言“德教者，人君之常任也，而刑罚为之佐助焉。”那么在政治理想这一点上，德教的主导地位就很明显了，德教是治国之本，刑罚起到的是辅助作用以及乱世时的权宜之计。就德教在此的地位而言，显然也是具有强烈的儒家色彩的。
其二是仲长统在《昌言》中曾多次引用《周礼》、《周易》。
有人认为这是因为仲长统有着浓重的周文化情节。当然，周文化不能和儒学划等号，但是无疑两者之间的关系是非常紧密的，这也是仲长统思想儒家渊源的重要来源之一。同时，仲长统还有着不低的易学造诣，对于《周易》既有明确的引用，又有潜移默化形成的对于“易”的理解和运用。
02法家、道家思想渊源
除了儒家外，法家和道家也是仲长统思想的重要渊源。
但是就《昌言》而言，可以看出儒家思想是骨，是体，是仲长统哲学的主干，起主导作用；而法家、道家思想是血肉，为用，是仲长统哲学的枝干，起补充作用。同时，厘清仲长统思想中的法家、道家成分也有助于一窥法家、道家在东汉末期社会批判思潮时的存在形式以及部分思想脉络。
仲长统对于法家思想的继承主要有两个方面：
一是历史观，商鞅出“礼法以时而定，制令各顺其宜”。韩非认为“时移而治不易者乱，能治众而禁不变者削。”法家历史观主张，社会制度的进步应该与社会情况的发展相匹配，而非一味以古为尊、墨守成规。
仲长统在此一问题上很大程度继承了这样的观点：
作有利于时，制有便于物者，可为也。事有乖于数，法有翫于时者，可改也。故行于古有其迹，用于今无其功者，不可不变。变而不如前，易有多所败者，亦不可不复也。
从外部表现来看，两者可能不尽相同，商鞅的目的在于力劝秦孝公更法，仲长统的目的则在于论述清楚更法的依据。但究其实质，他们所蕴含的精神是一致的：商鞅说“兴、灭”，仲长统说“利、功”，两者都是出于一定的功利主义来谈论变法之道。
就法制而言，其对于社会的实效才是他们关心的问题。当然，在仲长统的思考中法制是需要服从于王政的，且不在此论。仲长统或许正是受到了商鞅的影响，从而除了自己的观点，两者对于“变法”的理论依据都是变化的历史观。
因为时代在进步，社会需求自然也会开始发生变化，治国的具体方法以及社会的各方面制度都应该顺应新时代的社会需求进一步改变，不能墨守成规、抱残守缺地遵循不合时宜的古代制度。但若是现有的新制度、新法律对新的社会需求没有助益，那么法古也未尝不可。究其根本，是因为在此问题上仲长统具有一定的功利主义倾向。
仲长统思想的法家渊源第二个方面在于名实关系。
名实关系在先秦子学阶段是一个关键性问题，诸子百家对其进行过很多论辩。而其中，法家的名实观与儒家的名实观具有密切的关系。
儒家之名实观与法家之名实观的最大差别，在于正名实的手段不同，儒家使用礼，更加强调道德的内在规制力。法家使用法，强调刑罚的外在强制力。之所以确定仲长统对于名实问题的态度来源于法家思想，是因为《损益篇》其所论及的废除肉刑后轻重无品的问题。
他认为刑罚存在缺陷，应该复立肉刑，以肉刑充当“中刑”以弥补这种缺陷。归根结底是“正刑名”之说，循名责实，慎赏明罚。因为“中刑”的缺失，触犯了“中罪”的人“杀之则甚重，髡之则甚轻”，中罪如果以轻刑来量刑则罚不抵罪，若以重刑来惩罚则罪不当罚，这会造成什么样的后果呢？认为轻刑不足以惩治其罪行的人，就栽赃陷害来加大他的罪行，更进一步则假托疾病让犯人死于狱中。
汉朝自文帝起废除肉刑，这在中国历史乃至世界历史上都是一大文明的进步。到了汉末，仲长统却呼吁要复立肉刑，决不是开历史倒车。追根溯源是因为刑罚失其“中”，导致了原本应该起到社会规制作用的刑罚体系进一步混乱，需要“五刑有品，轻重有数，科条有序，名实有正”的规定来对其进行修正或者弥补，重点不在于复立肉刑，而在于欲落实“科条有序，名实有正”的主张。
仲长统受到道家思想的影响则很显而易见，主要体现于论及时俗行事时常引用道家典籍。如“时政雕敝，风俗移易，纯朴已去，智慧已来”引用了老子《道德经》的内容。“左手据天下之图,右手刎其喉,愚者犹知难之,况明哲君子哉”则化用了《庄子》中的典故。以及后来仲长统“乐志论”与“见志诗”中所表现出来的道家倾向，“安神闺房，思老氏之玄虚；呼吸精神，求至人之仿佛。”
从这样的叙述可以看出仲长统此时似乎有着强烈的出世倾向，好像他所追求的东西从针砭时政、试图扶大厦之将倾，完全转为了“乘天地之正，而御六气之辩”的至人逍遥境界。